Оперативный контроль проводится в течение всего года, представляет собой совокупность контрольных и экспертно-аналитических мероприятий и осуществляется по следующим направлениям:

• на основе анализа специальных форм отчетности, являющихся обязательными для участников бюджетного процесса;
  
  

• путем компьютерной обработки оперативно предоставляемых Минфином России и Центральным банком России копий первичных платежных документов, на основании которых осуществлялись операции со средствами федерального бюджета;
  
  

• на основе иной обязательной финансовой отчетности, представляемой рядом министерств и ведомств, Банком России и кредитными организациями, уполномоченными осуществлять операции со средствами федерального бюджета;
  
  

• обобщением результатов контрольных мероприятий, осуществляемых по поручениям палат Федерального Собрания и по инициативе Счетной палаты;
  
  

• методом выборочных экспресс-проверок с целью уточнения отдельных параметров исполнения бюджета;
  
  

• с помощью экспертных оценок.
  

На основе сопоставления оперативных данных по форме, согласованной с Советом Федерации и утвержденной Государственной Думой, составляется ежеквартальный (нарастающим итогом) оперативный отчет об исполнении федерального бюджета за три, шесть, девять и двенадцать месяцев, который после утверждения Коллегией Счетной палаты направляется палатам Федерального Собрания.