Важнейшей составной частью экспертно-аналитической деятельности является экспертиза проектов законов и иных нормативных правовых актов, международных договоров, федеральных программ и иных документов, затрагивающих вопросы федерального бюджета, бюджетов государственных внебюджетных фондов, федеральной собственности и финансов Российской Федерации, а также подготовка аналитических материалов по вопросам государственного финансового контроля.
В Счетной палате сложилась единая система контроля федерального бюджета.
Она предполагает непрерывный трехлетний контрольный цикл за исполнением бюджета каждого финансового года в течение нескольких последовательных стадий:
предварительный контроль проекта бюджета будущего года (заключения по проектам федеральных законов о федеральном бюджете);
оперативный контроль в ходе исполнения бюджета текущего года;
последующий контроль исполненния бюджета (заключения на проекты федеральных законов об исполнении федерального бюджета).
Таким образом, в течение каждого календарного года Счетная палата одновременно работает с бюджетами трех лет, а бюджет каждого финансового года находится в одной из фаз трехлетнего цикла.
Методологические основы организации экспертно-аналитической деятельности Счетной палаты определяются методическими документами Счетной палаты, подготавливаемыми в отделе методологического обеспечения Сводного департамента и направлениях деятельности Счетной палаты.